新泻大学领导的一个研究小组推出了一份数据期刊,旨在收集元数据并进行蛋白质组再分析,这是世界首次尝试。

 为了准确地重新分析蛋白质组(蛋白质的集合),需要数据的属性(它是哪个物种、如何收集和处理样品、测量中使用了哪些参数等)。很重要。然而,在数据库中记录蛋白质组数据时,很难收集详细的元数据,据说这是一个即使在国外也几乎没有解决的重大问题。

 因此,由新泻大学、京都大学、熊本大学、北里大学和信息系统研究所共同开发和运营的jPOST(日本蛋白质组标准存储库/数据库)是一个数据存储者可以自行收集数据的系统。我们考虑了一个发布系统。我们与日本蛋白质组学会合作,推出了数据期刊“蛋白质组数据和方法杂志(JPDM)”,该杂志处理“元数据的专业文章”。

 因此,研究人员可以向 JPDM 存储数据并向 JPDM 提交数据论文,这将增加他们作为论文的成就,从而激励研究人员发布详细的元数据。此外,以JPDM格式(一种元数据输入格式)编写的元数据可以进行(半)自动重新分析,使其成为世界上第一个对个人研究人员和jPOST都有利的系统。

 未来,我们将开发一个可以处理大量数据并促进国际化的系统,以便存储在jPOST以外的存储库中的数据元数据也可以在JPDM中发布。最终,我们的目标是建立世界上最大的蛋白质组数据库。

纸张信息:[核酸研究]jPOST环境加速公共蛋白质组质谱数据的重用和再分析

大学学报在线编辑部

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