根据全球信息服务公司汤森路透（美国纽约）的总结，国内研究机构东京大学在自然科学领域的高被引论文数量最多。 第二名是京都大学，第三名是 RIKEN。在日本整体上，它在世界各国中排名第2位，并被豁免。
它在流行病学、材料科学和物理学领域有很大的影响。

　调查中，各研究机构计算并比较了被引次数前1%的论文数量。报告显示，东京大学在自然科学综合领域名列前茅，高被引论文数量高达1,303篇。紧随其后的是京都大学、理研、大阪大学和东北大学。前20名包括12所国立大学、2所民办大学、4所国家研究机构和2所大学联合使用机构。

　在免疫学领域，大阪大学以64篇论文位居榜首。 东京大学排名第二，京都大学排名第三。在材料科学方面，国立材料科学研究所以2篇论文排名第一，其次是东北大学和东京大学。在科学方面，东京大学以3篇论文排名第一，其次是京都大学和大阪大学。
东京大学的352篇论文在物理学中名列前茅。京都大学排名第二，理化学研究所排名第三。在生物学和生物化学方面，东京大学以2篇论文排名第一，京都大学排名第二，理化学研究所排名第三。

　在植物和动物学方面，RIKEN 以 157 篇论文排名第一。东京大学和国立农业生物科学研究所紧随其后。在分子生物学方面，理化研究所以1篇论文位居榜首，东京大学位居第二，大阪大学位居第三。

参考：【汤森路透】通过分析高影响力论文数量公布日本研究机构排名
http://ip-science.thomsonreuters.jp/press/release/2016/esi2016/