2021 年 4 月 8 日，日本科学委员会编制了一份关于组织审查的报告草案，并得出结论认为，首相管辖的现状符合其作为“国家科学院”的职能。在菅义伟总理拒绝任命成员候选人后，该组织正在重新审查，最终决定将在与 4 月 21 日开始的股东大会协商后做出。
根据报告草案，日本科学委员会的组织机构是一个国家机构，但在法律上的独立性得到保障，并被赋予日本领先的学术机构的官方地位和权力，并采取国家预算措施。他认为，目前的形式适合日本科学委员会的角色，因为它已经获得了稳定的财政基础。 “我认为没有任何理由改变这一点，”他说。
在从国家独立的情况下，将政府业务分离并独立的独立行政机构，以社会福利法人、宗教团体等为对象的公益法人被判断为不合适。特别法设立的特别法人有考虑的余地，但需要相当长的准备期，会产生新的立法和财务问题。
此外，还针对加强对外信息发布、改革会议决策程序、审查成员遴选程序、加强秘书处职能等问题提出了对策。
在菅义伟首相拒绝任命 2020 年成员候选人后，政府和自民党敦促日本科学委员会考虑一种独立于政府机构的形式。这份报告草稿有回答的意思，梶田隆明会长等人已经向科学技术大臣井上真司说明了这一点。
